1、蛋白结构不同：水解奶粉和普通奶粉最主要的区别就是蛋白成分存在的方式不同，一般普通奶粉中的蛋白结构是完整的，而水解奶粉是经过水解工艺加工的蛋白，把完整的大分子蛋白进行切割，变成小分子的蛋白。
2、适合人群不同：普通奶粉适合没有家族过敏史，身体各项指标都正常的宝宝。水解奶粉适合对牛奶蛋白过敏或者乳糖不耐受的宝宝。水解程度不同，水解奶粉的适应人群也不一样。适度水解奶粉主要用于牛奶过敏的饮食预防，适合所有新生儿食用，与普通奶粉相比，营养成分相同，过敏原含量少。
3、口感不同：普通奶粉比水解奶粉的口感要好些，有的蛋白质经过水解之后会产生一些苦味物质，影响了自然的口感，特别是深度水解酪蛋白配方，部分水解奶粉比深度水解奶粉的味道要可口一些。